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等電聚焦電泳也是一種電泳方法，利用一種特殊的緩沖液在凝膠內(nèi)制造一個pH梯度，電泳時每種蛋白質就將遷移到等于其等電點的pH處，形成一個很窄的區(qū)帶。電泳槽配置的凝膠板面積為220×85mm，適合作薄層等電聚焦電泳。配有冷卻裝置，特別適宜做種子純度檢測。

    等電聚焦電泳槽和水平電泳槽的測試原理不相同，等電聚焦是根據(jù)被分離的蛋白質組分間的等電點的差異被分離的，具有不同等電點的蛋白質會停留在相應的ph區(qū)帶，而普通的水平電泳槽是根據(jù)蛋白質組分間的分子量的大小差異進行分離的，分子量不同的蛋白質會停留在相應孔徑的凝膠層。
    用等電聚焦電泳槽進行實驗時，應當將電泳槽放在相對干燥的房間內(nèi)，遠離水源。電泳槽使用的是高壓電源，所以在使用時要注意安全規(guī)范操作，要保證輸出電極的正確連接，膠的加樣端要放在負極端，否則電泳會反方向跑，穩(wěn)流狀態(tài)下，輸出電極連線不能與電泳槽脫離連接，否則電泳槽內(nèi)部會產(chǎn)生極高的電壓，將電泳槽燒毀。穩(wěn)壓狀態(tài)下，輸出電極連線間不能出現(xiàn)短路，否則同樣會將儀器燒毀。